Надходження в річкові русла надмірної кількості наносів із водозборів при їх відкритті і різке посилення акумуляції викликають замулення річкових русел. Стаціонарні дослідження свідчать про те, що темп винесення наносів у річки із залужених і заліснених схилів в десятки і сотні разів менше, ніж з тих, що відкриваються. Надходження надмірної кількості твердого матеріалу з водозборів і бортів долин і замулення русел малих річок відбувається також при масовій вирубці лісів у лісовій зоні: лісосіки тут стають ареною прискорення ерозії ґрунтів.

Матеріал, що надійшов, відкладається насамперед біля берегів, у зоні обмеженого транзиту; тут же при підвищенні хімічного забруднення річки починається заростання русла. Якщо водний потік справляється з наносами, то подальшого замулення не відбувається. Інакше процеси замулення поступово захоплюють всю площу русла, вкриваючи боковики, гребені перекатів і плесові ділянки шаром мулу потужністю від кількох сантиметрів до метра.

Виділено три типи акумуляції мулу, що розрізняються локалізацією в руслі:

  • боковиковий (в струмках і річках 2-3-го порядків),
  • плесовий (в річках 4-5-го порядку)
  • і рівномірний.

Надалі при сезонних коливаннях рівнів води мул частково перерозподіляється в руслі, але його транзитне переміщення ускладнене через швидке ущільнення і злежування.

Для розвитку водних рослин найсприятливіші умови виникають спочатку на перекатах; у результаті русла перетворюються на ланцюжок протічних озер – плес (аналогів бочажин) і зарослих перемичок – перекатів. ЕТЗ річки при цьому різко знижується, і відкладення мулу, а потім і заростання охоплюють все русло.

Від природних бочажинних річок замулені річки відрізняються відносно сухими заплавами, що ще не встигли заболотитися, і наявністю під шаром мулу піщаних руслових відкладень. Подальший розвиток процесу призводить до повного припинення поверхневого стоку, заміни водної рослинності аеральною і перетворення долини малої річки в балку.

Замулення малих річок як верхніх ланок річкових систем здійснюється в кілька етапів. Частіше за все замулення і відмирання гідромережі починається зі струмків; урешті-решт, їх поверхневий стік переходить у підземний, а на днищах долин-балок зникають навіть сліди русел. Такі процеси характерні для струмків, що протікають по товщі корінних порід. Після відмирання струмків процеси замулення починають розповсюджуватися на русла малих річок низьких порядків, і цей процес може продовжуватися доти, поки всі вони не будуть замулені.

Механізм замулення малих річок дещо видозмінюється, коли інтенсивна сільськогосподарська діяльність на водозборах супроводжується осушувальною меліорацією водозборів і річкових заплав. Часто при цьому малі річки використовуються як магістральні канали. З метою збільшення пропускної спроможності русел і кривизни депресивних воронок в їхніх долинах (для їх подальшого осушення) річки спрямляються. Це призводить до врізання річок і до зменшення їх похилів. Унаслідок цього після проходження хвиль ерозії в каналізованих руслах залишається значна частина продуктів розмиву дна і берегів. Окрім того, врізання русел означає зниження базисів ерозії для приток і провідної мережі, врізання яких збільшує винесення наносів у русла малих річок. Зрештою, по регулюючій і провідній мережі в русла починає надходити матеріал з осушених полів, що раніше залишався на водозборах. Все це призводить до замулення русел малих річок, їх евтрофування, погіршення їх меліоративних якостей і зниження ефективності осушних систем.

Найстійкіші до замулення малі річки, що мають русла першого, другого і п’ятого типів, відмінні відносно високою эрозионно-транспортуючою здатністю потоку. За інших рівних умов екологічна напруженість на них нижче, ніж на річках із руслами третього і, особливо, четвертого (бочажинные русла) типів, які в природних умовах знаходяться в стані нестійкої рівноваги і поступово відмирають.